מודל העבודה של מיזם רבדים, הוא מקיף וכולל התייחסות לרבדים רבים בעבודת ביה”ס. כל תלמידי ביה”ס ממופים על פי משתנים אקדמיים, רגשיים וחברתיים, מאובחנים ולא מאובחנים, לצד מכלול המשאבים הקיימים בתחומים אלה. תלמידים שנמצאו בפערים ביחס לנורמה או הסטנדרט הנדרש, בין אם הם או לא, מקבלים סיוע פרטני או בקבוצות קטנות להיטיב את מצבם ברמה האישית והחברתית.

כל הגורמים המסייעים, הם בעלי הסמכה וכל האישורים הנדרשים לביצוע עבודתם, על-פי דרישות משרד החינוך.

כל המעורבים בתהליך, עובדים עם כלים למעקב ובקרה, חלקם על המרשתת וחלקם בקבצים,שהוכנו במיוחד עבור התכנית ומתעדכנים מעת לעת על-פי צרכים שעולים תוך כדי עבודה, לשיפור האיכות. ממחקרי הערכה, פנימיים וחיצוניים שאנו מקפידים לבצע על התכנית, התוצאות באחוזים מאוד גבוהים, במגמה חיובית, שהמשמעות שלה, חיזוק ההשתלבות של תלמידים.